虽然《琴史》前五卷主要介绍相关琴人的琴事,但朱长文并非只限于述而不作,而是在大部分篇目之后加有一段评论性的文字,其结构类似于《史记》中之“太史公曰……”。这些长短不一的文字,反映了作者对该书卷目的选择,对相关原始资料的遴选、删改的标准，以及作者贯穿始终的主旨,这种主旨就是“琴以载道”。换而言之,朱长文的《琴史》,并非一部有关“琴器”、“琴乐”的历史,而是一部有关“琴道”的历史。而这一标准,首先体现于《琴史》一书的卷目编排上,特别是卷一、卷二的篇目编排。

朱长文在卷一中记载的二十七人不是儒家所推崇的上古先王,就是儒士心仪的圣哲先贤。而以琴闻名于世的,诸如师旷、师襄、伯牙、子期等人都被置于卷二之中。可见,朱长文始终有意识地将儒家所重之士置于琴史的主流地位,并对此不惜重墨。对于像赵耶利、董庭兰这类“职业琴人”,朱长文皆用“慕道自隐”、“貌古心远”、“意闲体和”与一般的“贱伶末艺”区别开来,以彰显古琴特殊的地位,从而达到与“琴以载道”主旨的统一。

在书中,朱长文亦给予涓子、琴高这样一些道家传奇人士一定的笔墨,这并非是出于对道家的偏爱,而是由于道家隐逸思想对传统儒士的影响,众所周知的“达则兼济天下,穷则独善其身”,恐怕是对这一传统最好的注脚。而朱长文在得志之时,即遭逢事故,致使终身跛足。虽然朱长文对此声称“吾因是疾,可以脱遗轩冕,专事温清,此人子之至乐也”(朱长文《与诸弟子书》),可从中我们依旧可以感到朱长文满腹的不甘与无奈,所谓“专事温清”、“人子之乐”恐怕也是宽慰自己的一种“独善其身”的方式。以致其父为朱长文安排“恩荫”之事时,朱长文断然拒绝,而将其留给自己的胞弟,而这,恐怕也是在“兄友弟恭”之外,内心的不甘。朱长文自身的经历,亦是促使他在书中对于隐逸之士比较推崇的主要原因。

而这关于“琴道”的历史,除了朱长文对“琴以载道”的推崇,另一原因,恐怕是朱长文对古琴一道并不擅长。虽然朱长文出生于琴学世家：

先祖尚书公,讳亿,字延年,越州剡县人也。少有稚趣,邃于琴道,卜居四明,有姊以淑行婉质,尤工琴书,后赐号广慧夫人者也。吴越王既纳籍有司。至道元年,天子命使者裴愈至二浙,访图书,闻广慧既艺且贤,以名闻,且命之至京师。广慧既入宫掖,尚书被召对,鼓琴。太宗嘉悦,使待诏翰林。其后历仕繁剧,多以才选,虽王事靡鹽,而丝桐不离于前,笃好而精学,虽老无倦教。明道二年,以内殿崇班閤门祗候,知雄州卒,以家君光禄贵,赠刑部尚书,年六十。尚书尝宝一古琴,声甚清,池中书曰“上元滨”,题曰“玉罄(磬)”。上元乃唐肃宗所纪年也,昔崔晦叔尝以玉磬琴遗白乐天,此殆是耶!尚书既丧,此琴假于老舅惠玉,玉尝授琴于尚书,音静而不流,东南罕及者。舅复以此琴归余,遂名曰“玉誉”,既铭且记之云。(朱长文《琴史·先祖尚书公》)

在这里,朱长文将自己的家学渊源交待得一清二楚,他的姑祖母因为擅长古琴先被吴越王赏识,最后名动京师,得以在太宗面前推荐她的弟弟——朱长文的祖父朱亿。而朱亿也因擅琴而被任命为輸林院待诏,从此使朱家步入仕途。朱长文的祖父朱亿藏有唐代名琴“玉磬”,而他祖父去世后,那把“玉磬”琴又传到了他舅舅手里,他舅舅从他祖父那里学琴。但恐怕只是略识,而非“精通”。毕竟如果朱长文精于弹奏古琴,就会不自觉地在古琴的演奏技巧方面、音乐方面有所侧重,反之,就会更倾向于抛开具体音乐,就“琴”论“道”。

在收集、摘录之后,朱长文提出了自已的观点。对于信者,采而录之,对于不信者,采而辨之。如对于卷四中“董庭兰”一目中,对《唐史》中所言的董庭兰“数通贿谢”一事就持否定态度,并提出“贿谢之事,吾疑谮琯者为之”的观点。又如卷二关于《琴操》中有关“屠门高”的记述：

又《琴操》有屠门门高者,秦倡也。秦时采天下美女以充后宫,幽愁怨旷,咸致灾异。屠门高为之作琴引以谏焉。然太史公作《滑稽传》独不及高者,何耶?《琴操》之言未足信也。

朱长文由《琴操》谈到的屠门高,在司马迁的《史记》中并无见载。因此,认为《琴操》所言并不足信。

在对先秦琴史的叙述中,朱长文认为经过战国,“秦筝、羌笛、箜篌、琵琶之类迭兴而并进,而琴亡矣”。在汉唐琴史中则认为到这一时期,弹琴虽然已是一种时尚,但琴乐已不是宫廷帝王的音乐,而是一种文人的音乐,并成为中国文人阶层的音乐,属民间音乐范畴；在论述唐代琴史时,朱长文分析了唐代琴乐衰微的原因,是因为西域琵琶的传入和大曲的兴起所导致;关于宋代的琴史,《琴史》只记叙了当时的“琴人”、“琴事”,并没有对这一阶段进行评价和总结。

《琴史》在记录、保留琴史资料和反映古琴的历史以及继承和发展古琴艺术等方面做出了贡献,对研究宋代和宋代以前的古琴发展,具有重要的参考价值和意义。